Свою деятельность на рынке авиационных перевозок Авиакомпания «Кыргызстан» начала с 2001 года. Для осуществления перевозки официальных лиц государства, а также коммерческих авиаперевозок 13 сентября 2001 года было создано ОАО «Авиакомпания «Алтын эйр», являющееся дочерней компанией государственного предприятия ОАО «Кыргызалтын».